Секретна група от учени намират местоположението на известния загубен град Атлантида, но не на Земята. Намира се в галактиката Пегас. Старгейт Атлантида произлиза от много успешния сериал Старгейт SG-1. Международната група от учени и военни имат мисия да разберат тайните на Атлантида - град, построен от древни, могъщи създания и да донесат каквото намерят на Земята.